Egy helyi érzéstelenítés (injekció) után eltávolítjuk a szuvasodást vagy a tömést a fogból, és behatolunk a fogbélkamrába. A gyökércsatornákat megkeressük, eltávolítjuk az elhalt, gyulladt fogbelet, és lehetőséget biztosítunk a gyökércsúcs körül felhalmozódott genny és baktériumok távozására. Röntgen vagy más bemérő műszer segítségével meghatározzuk a gyökércsatorna hosszát (ez alapvető fontosságú a sikeres, hosszantartó gyökértöméshez, mivel mindenkinek más és más hosszúságú a gyökere).
A gyökércsatornákat speciális gyökértűkkel feltágítjuk (hagyományos kézi, modernebb gépi tágítás) a már meghatározott hossznak megfelelően. Ezek után a tiszta, nagyrészt baktériummentes csatornákat a csatorna teljes hosszát ideiglenes gyökértöméssel zárjuk le, erre ideiglenes tömést teszünk .
Bizonyos idő elteltével (1-4 hét) az ideiglenes gyökértömés eltávolítása után a bemért hossznak megfelelően végleges gyökértöméssel töltjük ki a gyökércsatornákat. A gyökértömés után egy helyi gyulladás is kialakulhat, ami enyhe panaszokkal járhat,de ez pár nap alatt lezajlik. A gyökértömött fogat azután a megmaradt foganyag figyelembevételével betömjük, vagy egy koronát készítünk rá. A felépített rész erősítéséhez felhasználhatjuk az előzőleg gyökértömött fog egyes csatornáit is, amibe gyári (általános) vagy öntött (egyéni) gyökércsapot helyezünk.
Fájdalomról és sikerességről
A fogbél eltávolítása lehet akár teljesen fájdalom mentes (ha már teljesen elhalt), vagy megfelelő érzéstelenítés mellett is elviselhetően kissé fájdalmas ( gyulladt állapotban). A gyökérkezelés további lépéseihez nem szükséges érzéstelenítő, nem várható fájdalom, amennyiben a pontos a bemérés szerint történik a kezelés. A kezeléseken kívül a fog kisebb-nagyobb fájdalma , ráharapási érzékenysége mindaddig fennmaradhat, amíg a gyökércsúcsnál a gyulladás teljesen meg nem szűnik (1-2 kép). A gyökértömések 95%-a sikeres. A sikertelenség egyik fő oka a pontatlan bemérés vagy a gyökérben időnként jelenlévő járulékos gyökércsatornák, amiket nehezen, vagy egyáltalán nem tudunk tisztítani. Ezeknek a járulékos gyökércsatornáknak a legnagyobb részét még a röntgen sem mutatja ki.
